Bref resume de l'histoire :
Gon a onze ans, et son rêve est de devenir hunter. Les hunters sont des chasseurs d'élite, aussi bien aventuriers, archéologues, que justiciers. Son père, Jin, qu'il ne connaît pas directement, est l'un des plus grands hunters de son temps. C'est aussi pour retrouver celui-ci que Gon veut devenir hunter.
Cependant l'examen de hunter, qui a lieu chaque année, est extrêmement difficile. On dit qu'un candidat sur 10 000 arrive sur le lieu des épreuves, et qu'un candidat tous les trois ans devient hunter à sa première tentative. Durant l'épreuve, il n'est pas rare d'être blessé, voire tué par des monstres ou même d'autres concurrents...
Au cours de cet examen, Gon va rencontrer différents personnages, aussi bien amis qu'ennemis : Kurapika, dont le seul objectif est de venger sa famille assassinée, Léolio, dont le but avoué est d'acquérir de l'argent mais qui en réalité rêve d'être médecin, Kirua, 12 ans, fils d'une famille d'assassins, en rébellion contre ladite famille, Hisoka, dont la grande passion est l'assassinat, ainsi que beaucoup d'autres.
À noter que la force de Gon n'est pas que physique : son charisme, son intelligence, son sang-froid et surtout son incroyable capacité à attirer la sympathie l'aident souvent à sortir des situations les plus périlleuses.
